Meskipun Indonesia telah mencapai kemajuan luar biasa selama satu dekade terakhir, Tuberkulosis (TB) masih menjadi salah satu dari empat penyebab teratas kematian di negara ini. Selain dari hasil survei prevalensi baru-baru ini yang menunjukkan prevalensi TB jauh lebih tinggi dari yang diperkirakan sebelumnya, peningkatan kasus TB kebal obat (MDR-TB - Multi Drug TB Resistant), temuan kasus TB dan MDR-TB di rumah sakit umum dan swasta masih belum memadai, dan rendahnya notifikasi kasus TB di penyedia pelayanan kesehatan sektor swasta yang menjadikannya sebagai salah satu tantangan signifikan bagi program TB nasional.

Diluncurkan pada bulan Januari 2015, program Emerging Pandemic Threats 2 (EPT-2) melanjutkan dan memperluas keberhasilan program USAID EPT-1 dan Avian Influenza dalam bidang pencegahan penyakit, surveilans, pelatihan, dan penanggulangan wabah. Fokus dari program EPT-2 adalah untuk membangun landasan operasional, kemitraan antar institusi, dan memperluas basis pengetahuan yang telah dikembangkan selama satu dekade terakhir di bawah beberapa program USAID terdahulu.